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Forschungszulage & Betriebsprüfung — Was prüft das Finanzamt?

Aktueller Stand: Regime 2026 (Investitionsbooster ab 01.01.2026)
Der Trade-off der Forschungszulage:

Die FZ hat eine bewusst schlanke Durchführungslogik: keine Zwischenberichte, keine Quartalseinreichungen, kein Verwendungsnachweis während des Projekts — anders als bei ZIM oder Regionalprogrammen. Dafür erfolgt die Prüfung der Aufwendungshöhe nachträglich über das Finanzamt, im Rahmen einer regulären Betriebsprüfung — mit allen typischen BP-Mechanismen und Prüfungsschemata, die eine Betriebsprüfung an sich hat.

Konkret: Das 2-Phasen-Modell der Forschungszulage trennt die inhaltliche von der finanziellen Prüfung. Die BSFZ-Bescheinigung ist ein Grundlagenbescheid: Sie bestätigt die technische FuE-Qualifikation und ist für das Finanzamt bindend. Das FA darf die inhaltliche Bewertung nicht anzweifeln. Aber: Die Höhe der Aufwendungen — Steuerbrutto, FuE-Anteile, AG-SV, KMU-Status — prüft das FA eigenständig. Bis zu 6 Jahre nach Festsetzung. Wer sauber dokumentiert hat, hat nichts zu befürchten.

Was genau wird geprüft?

1. Steuerbrutto-Angaben: Stimmen die gemeldeten Werte mit den Lohnsteuerbescheinigungen überein? Wurde korrekt §2 LStDV angesetzt (nicht Gesamtbrutto)?
2. FuE-Anteile pro Mitarbeiter: Sind die angesetzten FuE-Anteile plausibel und dokumentiert? Gibt es Stundennachweise? Passen die Anteile zur Projektdokumentation?
3. AG-Sozialversicherung: Korrekte Berechnung der Arbeitgeberanteile? Stimmen die SV-Meldungen mit den Angaben überein?
4. Auftragsforschung: Existieren Verträge? Liegt der Auftragnehmer in der EU/EWR? Wurde korrekt 70% angesetzt?
5. KMU-Status: War die KMU-Erklärung korrekt? Wurden verbundene Unternehmen berücksichtigt?
6. GGF-Eigenleistung: Plausibilität der Stundenzahl? Keine verdeckte Gewinnausschüttung beim GGF-Gehalt?

Wichtig: Die BSFZ-Bescheinigung wird vom Finanzamt nicht hinterfragt. Die inhaltliche Prüfung (Ist das Projekt FuE?) ist abgeschlossen. Das FA prüft nur die Höhe der Aufwendungen und deren korrekte Zuordnung.

So bereiten Sie sich vor

Laufende Dokumentation: Stundennachweise zeitnah führen (nicht nachträglich erstellen). Lohnsteuerbescheinigungen pro Jahr sammeln. FuE-Anteile plausibel begründen können.

Aufbewahrungsfristen: Mindestens 6 Jahre nach Festsetzung. Im Zweifel 10 Jahre. Alle Unterlagen digital und physisch vorhalten.

Konsistenz: Die Angaben im FA-Antrag müssen konsistent sein mit dem BSFZ-Antrag (Projektzeitraum, beteiligte Mitarbeiter) und der internen Dokumentation.

Was passiert bei Beanstandungen?

Wenn das FA Beanstandungen hat, wird die Forschungszulage teilweise oder vollständig zurückgefordert — plus Zinsen. Die häufigsten Beanstandungen:

Überhöhte FuE-Anteile
100% FuE für alle Mitarbeiter — unglaubwürdig
Gesamtbrutto statt Steuerbrutto
Falsches Brutto = überhöhte BGL
Fehlende Stundennachweise
Keine GoBD-konforme Zeiterfassung
KMU-Status falsch erklärt
Verbundprüfung nicht durchgeführt

Häufige Fragen

Wie wahrscheinlich ist eine Betriebsprüfung der Forschungszulage?

Die FZ wird im Rahmen regulärer Betriebsprüfungen mitgeprüft — nicht in einer separaten FZ-Prüfung. Die Wahrscheinlichkeit hängt von Unternehmensgröße und allgemeinem Prüfungsrhythmus ab. Je höher die Zulage, desto wahrscheinlicher eine genaue Prüfung.

Kann das Finanzamt die BSFZ-Bescheinigung anzweifeln?

Nein. Die BSFZ-Bescheinigung ist für das Finanzamt bindend, was die FuE-Qualifikation betrifft. Das FA kann aber prüfen, ob die gemeldeten Aufwendungen tatsächlich dem bescheinigten Vorhaben zuzuordnen sind.

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